С именем Попова связано немало скандалов. Так, во время выборов в Госдуму в 2007 году его упоминали в связи с избирательной кампанией «Справедливой России» в регионе. Он вместе со своим сыном был нанят для охраны предвыборного штаба партии, когда разгорелся скандал между кандидатом номер один Валерием Бурковым и его PR-менеджерами. Говорят, что атамана неоднократно уличали в разжигании межнациональной розни в регионе через выступления и публикации в газетах.

 

В 2008 году Попов отправился в конный пробег Курган - Париж якобы в целях пропаганды реабилитации детей-инвалидов с помощью иппотерапии. Спонсором пробега выступил Александр Ильтяков, на тот момент являвшийся исполнительным директором мясокомбината «Велес». В Германии атамана остановили защитники животных. Как выяснили местные ветеринары, у одной из лошадей было серьезное повреждение позвоночника, у другой – проблемы с копытами. Как говорится в открытом письме президента русско-немецкого общества имени Екатерины Павловны, королевы Вюртембергской, Ульриха Шойффеле, Попов был «привлечен к ответственности за жестокое обращение с животными, в отношении него возбуждено дело по факту сексуального домогательства в отношении 14-летней девочки, а также в отношении других немецких женщин». После оглашения всех фактов бесславного похода казачьего атамана в Европу, Попов был исключен из совета Ассамблеи народов Зауралья.